Schalter Check-in
| Flughafen | Check-in Terminal |
| Basel/Mühlhausen (BSL) | Hauptterminal, Halle 4 (Schweiz) |
| Berlin-Schönefeld (SXF) | Terminal A |
| Berlin-Tegel (TXL) | Terminal C bzw. Terminal A/A1 |
| Bremen (BRE) | Terminal 1 |
| Dortmund (DTM) | Hauptterminal |
| Dresden (DRS) | Hauptterminal, Level 1 |
| Düsseldorf (DUS) | Terminal B |
| Erfurt (ERF) | Terminal B |
| Frankfurt (FRA) | Terminal 2, Halle E |
| Genf (GVA) | Hauptterminal |
| Hamburg (HAM) | Terminal 1 |
| Hannover (HAJ) | Terminal C |
| Heringsdorf (HDF) | Hauptterminal |
| Innsbruck (INN) | Hauptterminal |
| Karlsruhe/Baden-Baden (FKB) | Hauptterminal |
| Klagenfurt (KLU) | Hauptterminal |
| Köln/Bonn (CGN) | Terminal 2 |
| Leipzig/Halle (LEJ) | Terminal B |
| Linz (LNZ) | Hauptterminal |
| Memmingen (FMM) | Hauptterminal |
| München (MUC) | Terminal 1 (A, B, C, D, E) Abflüge nach Israel: Halle F |
| Münster/Osnabrück (FMO) | Hauptterminal bzw. Terminal 2 |
| Nürnberg (NUE) | Halle 1 |
| Paderborn/Lippstadt (PAD) | Hauptterminal |
| Rostock-Laage (RLG) | Hauptterminal |
| Saarbrücken (SCN) | Hauptterminal |
| Salzburg (SZG) | Terminal 1 |
| Stuttgart (STR) | Terminal 3 |
| Sylt (GWT) | Terminal 1 |
| Weeze (NRN) | Hauptterminal |
| Wien (VIE) | Terminal 1 |
| Zürich (ZRH) | airberlin: Check-in 3 Abflüge nach Pristina und Skopje: Check-in 2 NIKI: Check-in 3 |